Commit 59732060 authored by Marta Pittavino's avatar Marta Pittavino
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......@@ -70,6 +70,6 @@ print(system.time( boot1.cache <- buildscorecache( data.df=boot.data, data.dists
print(system.time( boot1.mp <- mostprobable( score.cache=boot1.cache)));
################################################################################################################################
datadir <- '~/DIB-D-17-00344/Data/noethn/Bootstrapping/'
datadir <- '~/DIB-D-17-00344/Data/'
save( boot1.mp,file=paste(datadir,"boot1run_noethn.RData",sep=''));
......@@ -110,7 +110,7 @@ for(i in start[index]:stop[index]){
dags[[i]]<-mostprobable( score.cache=boot1.cache);
unlink(c(init.file,run.file,out.file,paste(out.file,"chain1.txt",sep=""),paste(out.file,"index.txt",sep="")));#tidy up
datadir <- '~/DIB-D-17-00344/RData/noethn/Bootstrapping/'
datadir <- '~/DIB-D-17-00344/RData/'
save( dags, file=paste( datadir,"mp2560boot_noethn",index,".RData",sep=""));
}
#!/bin/bash
# 2560Bootstrapping_NoEthn.R
Rout="Rout/noethn"
Rfiles="R/LeptoPomonaJags"
Rout="Rout"
Rfiles="Rcodes"
echo
......
rm(list=ls())
### Set the proper working directory, i.e.: setwd("~/DIB-D-17-00344")
load("Data/leptopom_noethn.RData")
load("Data/noethn/Bootstrapping/Bestdag_leptopomona_trim2K.RData");
load("Data/Bestdag_leptopomona_trim2K.RData");
mydata <- mydatpomdef_noethn;
......
......@@ -2,9 +2,9 @@
### GLM ANALYSIS LEPTO POMONA DATA
########################################################################################################
rm(list=ls())
setwd("~/Desktop/ABN_GLM_Comparison_DataAndCodes") ### Set proper working directory
### Set the proper working directory, i.e.: setwd("~/DIB-D-17-00344")
load("~/Desktop/ABN_GLM_Comparison_DataAndCodes/RData/leptopom_noethn.RData")
load("~/DIB-D-17-00344/RData/leptopom_noethn.RData")
mydata <- mydatpomdef_noethn;
......@@ -141,7 +141,7 @@ str( mydatpomdef_noethnandfactor)
### Commands used just to save the data in the RData directory:
datadir <- 'RData/'
save( mydatpomdef_noethnandfactor,file=paste(datadir,"leptopom_noethnandfactor",".RData",sep=""));
load("/compute/martapit/Lepto_Pomona/RData/leptopom_noethnandfactor.RData")
load("~/DIB-D-17-00344/RData/leptopom_noethnandfactor.RData")
###############################################################################################
mydatamix <- mydatpomdef_noethnandfactor
......@@ -158,4 +158,4 @@ methods(class="merMod")
(resid_variance_m_slope <- attr(VarCorr(leptomixmodel), "sc")^2)
(summary(leptomixmodel))
str(ranef_m_slope <- ranef(leptomixmodel))
#####################################################################################################################################################
\ No newline at end of file
#####################################################################################################################################################
......@@ -2,12 +2,12 @@
### UNIVARIABLE GLM ANALYSIS FOR LEPTO POMONA DATA WITH BINARY WORKING POSITIONS&PLANTS
########################################################################################################
rm(list=ls())
setwd("~/Desktop/ABN_GLM_Comparison_DataAndCodes") ### Set proper working directory
### Set the proper working directory, i.e.: setwd("~/DIB-D-17-00344")
rm(list=ls()) # First: as usual, clean R's memory:
library(MASS)
load("~/Desktop/ABN_GLM_Comparison_DataAndCodes/RData/leptopom_noethn.RData")
load("~/DIB-D-17-00344/RData/leptopom_noethn.RData")
mydata <- mydatpomdef_noethn;
......@@ -124,4 +124,4 @@ exp(confint( lepto_plantsex))
anova( lepto_plantsex, method="LRT")
##############################################################################################################
\ No newline at end of file
##############################################################################################################
......@@ -58,7 +58,7 @@ mp.dag_noethn <- mostprobable( score.cache=mycache_noethn);
fabn_noethn <- fitabn( dag.m=mp.dag_noethn,data.df=mydata,data.dists=mydists);
datadir <- 'Data/noethn/'
datadir <- 'Data/'
save( mycache_noethn, mp.dag_noethn, fabn_noethn,
file=paste( datadir,"mpDAG_noethn",max.par,".RData",sep=""));
#!/bin/bash
# init_order_par_noethn.R
Rout="Rout/noethn"
Rfiles="R"
Rout="Rout"
Rfiles="Rcodes"
echo
......
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